プロセスビッググラフによるマルチスケール生物学モデルの構成

この論文は、マルチスケール生物学モデルの統合とシミュレーションの課題に対処するために設計されたProcess Bigraphsフレームワークを紹介しています。既存のツールでは不足しがちな、明確なインターフェース、階層的なデータ構造、およびオーケストレーションパターンに焦点を当てています。モデルの明確さ、再利用性、拡張性を重視するこのフレームワークは、複雑なマルチスケールシミュレーションを中心に、システム生物学の分野に大きく貢献しています。オープンソースの実装であるVivarium 2.0とSpatio-Fluxライブラリは、このフレームワークの実用的な有用性を示しています。